В состав муниципального района входят:
Городское поселение:
Духовницкое муниципальное образование;
Сельские поселения:
Березово-Лукское муниципальное образование,
Брыковское муниципальное образование,
Горяйновское муниципальное образование,
Дмитриевское муниципальное образование,
Липовское муниципальное образование,
Новозахаркинское муниципальное образование
Административным центром муниципального района является рабочий поселок Духовницкое.