В состав муниципального района входят: 

Городское поселение:
Духовницкое муниципальное образование;

Сельские поселения: 
Березово-Лукское муниципальное образование, 
Брыковское муниципальное образование, 
Горяйновское муниципальное образование, 
Дмитриевское муниципальное образование, 
Липовское муниципальное образование, 
Новозахаркинское муниципальное образование

Административным центром муниципального района является рабочий поселок Духовницкое.